改行の取り扱い
HTML文章はプレーンテキストと違い、改行コードだけではブラウザ上で改行されて見えません。この項目を設定することで、ブラウザ上で改行されて見えるかどうかを選択することができます。自分でマークアップされる方や既にマークアップ済みの小説を変換されたい方は、『改行コードにp要素やbr要素を付与しない』を選ぶといいでしょう。
段落の取り扱い
p要素とは段落を表現するための要素です。『p要素とbr要素を使う』の設定を選ぶと空行が段落の区切りとして認識され、p要素で文章を区切ってマークアップします。反面、連続した改行は排除されるため、表現方法に縛りがあります。これを使うことでテキストに意味付けをし、閲覧者により適切な趣旨を伝えられる小説を提供することができるかもしれません。